毕业后王琪焕青渔公司泰和轮、泰平轮就职，四年时间里他便从一名普通机工，逐步晋升为三副、二副、大副的职务。 97年王琪焕取得船长职务证书。2000年担任中鲁远洋集团泰平轮大副并考取了GMDSS职务证书。03年王琪焕终于完成从大副到船长的蜕变，三年内历任中鲁远洋集团泰福轮、泰寿轮船长。06年11月他被委任为威海荣玛渔业有限公司副总经理、生产技术部部长、维多利亚轮船长。